Kariera klubowa

Herrera rozpoczął swoją karierę w Realu Saragossa, gdzie przeszedł przez wszystkie szczeble kariery młodzieżowej. W sezonie 2008/09 zadebiutował w barwach pierwszego zespołu i do końca rozgrywek wystąpił w sumie w 19 spotkaniach, pomagając klubowi w powrocie do ekstraklasy. 29 sierpnia 2009 roku rozegrał pierwszy mecz w najwyżej klasie rozgrywkowej, zaś Saragossa wygrała 1:0 z CD Tenerife. W sezonie 2009/10 Herrera na stałe wszedł do podstawowego składu i stał się jednym z najczęściej eksploatowanych zawodników. Pierwszą bramkę w ekstraklasie zdobył 6 grudnia 2009 roku w przegranym 1:4 meczu z Mallorcą. W trakcie kolejnych rozgrywek Herrera nadal był podstawowym graczem, zarówno pod wodzą José Aurelio Gaya, jak i jego następcy Javiera Aguirre.

7 lutego 2011 roku ustalił warunki pięcioletniego kontraktu z Athletic Bilbao, do którego to klubu którego przeszedł oficjalnie 1 lipca. W nowych barwach Herrera zadebiutował 18 sierpnia 2011 roku w zremisowanym 0:0 meczu eliminacyjnym Ligi Europy z tureckim Trabzonsporem. W swoim pierwszym sezonie w nowym klubie rozegrał w sumie 54 oficjalne spotkania, zdobył cztery gole, zaś Athletic doszedł do finałów dwóch rozgrywek, Pucharu Króla oraz Ligi Europy.

26 czerwca 2014 roku Herrera podpisał czteroletni kontrakt z angielskim Manchesterem United. W Premier League zadebiutował 16 sierpnia 2014 roku w przegranym 1:2 meczu przeciwko Swansea, w 67 minucie spotkania został zmieniony przez Marouana Fellainiego. Swoją pierwszą bramkę dla Manchesteru United zdobył 14 września 2014 roku w wygranym 4:0 meczu przeciwko QPR.